BPJS Kesehatan memberikan jaminan pembiayaan terhadap berbagai jenis penyakit melalui program Jaminan Kesehatan Nasional (JKN). Berdasarkan Peraturan Menteri Kesehatan (Permenkes) No. 28 Tahun 2014, ada sebanyak 144 jenis penyakit yang secara resmi ditanggung oleh BPJS Kesehatan.